U Visokom upravnom sudu Republike Hrvatske osnovana su 3 odjela: Mirovinsko, invalidsko, zdravstveni odjel, Financijsko-radnopravni odjel i Imovinskopravni odjel, Vijeće za odlučivanje povodom zahtjeva za ocjenu zakonitosti općih akata i Služba za praćenje i proučavanje sudske prakse.
MIROVINSKO-INVALIDSKO-ZDRAVSTVENI ODJEL
obuhvaća područje: mirovinskog i zdravstvenog osiguranja, prava hrvatskih branitelja i članova njihovih obitelji, socijalne zaštite, azila i stranaca (osim državljanstva), javne nabave, pristupa informacijama, opće uprave i privremenog uzdržavanja.
Predsjednica odjela: Gordana Marušić-Babić
Zamjenica predsjednice odjela: Mira Kovačić
FINANCIJSKO-RADNOPRAVNI ODJEL
obuhvaća područje: financijskog i radnog prava, prava pretvorbe, privatizacije, javne nabave, tržišnog natjecanja, pristupa informacijama, intelektualnog vlasništva i opće uprave.
Predsjednica odjela: Blanša Turić
Zamjenica predsjednika odjela: Sanja Štefan
IMOVINSKO-PRAVNI ODJEL
obuhvaća područje: imovinskog, stambenog, graditeljskog, komunalnog prava, prava intelektualnog vlasništva, javne nabave, pristupa informacijama i opće uprave.
Predsjednica odjela: Senka Orlić-Zaninović
Zamjenica predsjednice odjela: Marina Kosović-Marković
Vijeća su sastavljena od tri suca. Vijećem rukovodi sudac koji je predsjednik vijeća, a ostala dva suca su članovi vijeća. Osim sudaca u radu vijeća sudjeluje sudski savjetnik odnosno viši sudski savjetnik. Sjednice vijeća održavaju se jednom tjedno, utorkom, srijedom, četvrtkom ili petkom.
VIJEĆE ZA OCJENU ZAKONITOSTI OPĆIH AKATA
Zakonom o sudovima i ZUS-om propisano je da Visoki upravni sud Republike Hrvatske odlučuje o zakonitosti općih akata pa su stoga osnovana i vijeća za ocjenu zakonitosti općih akata. Vijećem rukovodi sudac koji je predsjednik vijeća, a ostala četiri suca su članovi vijeća. Osim sudaca u radu vijeća sudjeluje viša sudska savjetnica. Sjednice vijeća održavaju se jednom mjesečno.
SLUŽBA ZA PRAĆENJE I PROUČAVANJE SUDSKE PRAKSE
U Visokom upravnom sudu Republike Hrvatske osnovana je Služba za praćenje i proučavanje sudske prakse. Služba je organizirana na način da poslove Službe obavljaju sudski savjetnici odnosno viši sudski savjetnici raspoređeni u Službu, pod nadzorom suca raspoređenog u Službu. Sudac raspoređen u Službu za praćenje i proučavanje sudske prakse i sudski savjetnici odnosno viši sudski savjetnici raspoređeni u Službu odabiru rješidbe i izrađuju sentence za bazu sudske prakse u internet izdanju i tiskanoj publikaciji.