Na području Republike Hrvatske postoji dugogodišnja tradicija upravnog sudovanja jer prvi počeci upravnog sudovanja u Republici Hrvatskoj sežu u drugu polovicu 19. stoljeća. Upravni sud sa sjedištem u Beču osnovan je 1876. godine i nadležnost mu se prostirala na cijeli austrijski dio monarhije (od naših krajeva pod njegovom nadležnošću bile su Istra i Dalmacija). U ugarskom dijelu Monarhije, 1884. godine osnovano je Financijsko upravno sudište, sa sjedištem u Budimpešti, a njegova nadležnost obuhvaćala je Hrvatsku i Slavoniju.
U Državi SHS, upravno sudovanje, do Vidovdanskog ustava, 28. lipnja 1921., bilo je u jurisdikciji Državnog savjeta Kraljevine Srbije, a njegova nadležnost se protezala na područje cijele države. Vidovdanskim Ustavom, te kasnije zakonom o Državnom savjetu i upravnim sudovima, Državni savjet zadržao je ulogu vrhovnog tijela državne uprave i vrhovnog upravnog suda, međutim predviđeni su i upravni sudovi (u Beogradu, Zagrebu Celju, Sarajevu, Skopju i Dubrovniku). Sud u Zagrebu osnovan je 1923., a njegova teritorijalna nadležnost prostirala se na područje Hrvatske i Slavonije (bez Baranje), dok se nadležnost suda u Dubrovniku, koji je također osnovan 1923., protezala na područje Dalmacije i Crne Gore.
U Banovini Hrvatskoj Upravni sud u Zagrebu ustanovljen je kao vrhovni upravni sud, a teritorijalna nadležnost mu se protezala na cijelo područje Banovine. Upravni sud u Zagrebu rješavao je administrativne sporove koji se odnose na stvari iz nadležnosti banovine Hrvatske te upravne sporove protiv akata državnih organa koji nisu bili organi Banovine ali su imali sjedište na njezinom teritoriju ( u tim sporovima njegova odluka nije bila konačna već je bilo moguće izjaviti žalbu Državnom savjetu u Beogradu).
Upravni sudovi u Zagrebu i Sarajevu nastavili su s radom i u Nezavisnoj Državi Hrvatskoj, da bi 1942., bilo osnovano Upravno sudište u Zagrebu, koje je pokrivalo cijelu državu. Osnivanjem tog sudišta ukinut je Upravni sud u Sarajevu.
U Federativnoj Narodnoj Republici Jugoslaviji, do 1952. godine, odnosno donošenja Zakona o upravnim sporovima (Službeni list SFRJ, br. 23, od 23. travnja 1952.), nisu postojali upravni sudovi niti upravno sudovanje. Stupanjem na snagu tog zakona ustanovljen je sudski nadzor akata uprave i to putem vrhovnih sudova narodnih republika. U Hrvatskoj je bio nadležan Vrhovni sud Narodne Republike Hrvatske i to u specijaliziranim vijećima koja su se bavila upravnom materijom odnosno upravnog odjela Vrhovnog suda Republike Hrvatske.
Upravni sud, kao samostalan republički sud, osnovan je 1. srpnja 1977. godine.
Kao rezultat višegodišnjeg rada na reformi upravnog sudovanja kroz projekt CARDS 2004.-podrška razvoju učinkovitijeg, modernijeg i djelotvornijeg upravljanja i rada Upravnog suda Republike Hrvatske u sklopu reforme upravnog sudstva i cjelokupne reforme pravosuđa u Republici Hrvatskoj, donesen je Zakon o upravnim sporovima (Narodne novine, broj: 20/10.), koji je stupio na snagu 1. siječnja 2012. godine. Navedenim Zakonom, kao i Zakonom o izmjenama Zakona o sudovima (Narodne novine, broj 130/11) uvedeno je dvostupanjsko upravno sudovanje. Ustanovljeni su prvostupanjski upravni sudovi u Zagrebu, Splitu, Rijeci i Osijeku te Visoki upravni sud Republike Hrvatske.
Od 1. siječnja 2012. godine Upravni sud Republike Hrvatske nastavio je s radom kao Visoki upravni sud Republike Hrvatske.